Universidad de O'Higgins crea el primer genoma chileno de referencia para mejorar diagnóstico del cáncer

Un equipo de investigadores de la Universidad de O'Higgins (UOH) secuenció tumores de cerca de 300 pacientes chilenos y generó el primer genoma chileno ensamblado completo, de telómero a telómero. La iniciativa busca contar con una referencia genética construida a partir de población local, ya que las bases actuales se elaboraron mayoritariamente con personas de Occidente.

La académica de la UOH y coordinadora del proyecto, Carol Moraga, explicó que "generamos el primer genoma chileno ensamblado completo, de telómero a telómero, distinto de la referencia actual, porque esta última se construyó con personas de Occidente. Nosotros usamos el genoma chileno para identificar mejor las variantes de riesgo en nuestros pacientes".

La composición genética de la población chilena, producto de la mezcla entre ancestrías europea y nativa americana (y en menor proporción africana), modifica la frecuencia de variantes genéticas y puede influir en el riesgo de enfermedades. Utilizar solo referencias internacionales podría dejar fuera características relevantes para los pacientes del país.

Las diferencias ya se observan en cánceres especialmente frecuentes en Chile. En vesícula biliar, estudios locales mostraron que el riesgo y ciertas características moleculares se relacionan con la ancestría genética. Al comparar tumores de pacientes chilenos con grupos de Corea e India, el equipo encontró indicios de un comportamiento más agresivo en los casos nacionales. También aparece con mayor presencia un perfil molecular llamado proliferativo en vesícula biliar, y en cáncer colorrectal un subtipo más agresivo conocido como CMS4.

Estudio en cáncer de colon en la región
El tema cobra especial relevancia en la Región de O'Higgins, donde trabaja el equipo y donde el cáncer de colon ha aumentado en los últimos años. En paralelo, los investigadores entrenan modelos de inteligencia artificial para buscar señales moleculares directamente en imágenes de biopsias, sin necesidad de secuenciar el genoma completo.

Uno de los primeros modelos busca anticipar si un tumor duplicó su material genético, señal asociada a cánceres más agresivos. Alex Di Genova, académico de la UOH e integrante del proyecto, señaló que "desde la imagen queremos predecir cosas moleculares, como mutaciones asociadas a peor pronóstico o a un tratamiento. La biopsia con imagen ya es parte de la práctica clínica; la secuenciación del genoma completo, no. Si logramos leer eso desde la imagen, ampliamos el universo de pacientes y la tecnología se vuelve mucho más democrática".

La herramienta podría además aliviar la falta de patólogos en hospitales públicos. Moraga advirtió que "hoy no existe una priorización de las biopsias: los pacientes se atienden por orden de llegada y no por orden de urgencia. Y los patólogos, que son quienes diagnostican el cáncer, son muy pocos, sobre todo en los hospitales públicos".

Este trabajo se sustenta en un clúster de supercomputación de cerca de 1.700 núcleos y un biobanco de imágenes digitales de biopsias con más de mil placas de alrededor de 500 pacientes con cáncer de mama y colon, levantado junto a la Unidad de Anatomía Patológica del Hospital Dr. Franco Ravera Zunino de Rancagua.

El equipo comenzará la etapa de predicción e integración de datos. Además, adjudicaron un fondo para secuenciar cerca de 250 genomas de personas chilenas sanas como grupo de comparación. El objetivo de largo plazo es que esta información genómica quede disponible para apoyar a pacientes y hospitales de todo el país.